Berdirinya MAN Insan Cendekia berawal atas kebutuhan sumberdaya manusia yang memiliki kualifikasi tinggi akan ilmu pengetahuan maupun teknologi dan sejalan dengan keimanan maupun ketaqwaan. Prof. Dr. Ing. B. J. Habibie menginisiasi lewat BPPT ( Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi ) membentuk STEP ( Science and Teknology Equity Program ). Tujuan STEP adalah penyetaraan program ilmu pengetahuan dan teknologi untuk sekolah dilingkungan pesantren. Pada tahun 1996, STEP melekatkan nama SMU Insan Cendekia sebagai nama lembaga pendidikan. STEP memilih lokasi di Serpong ( Banten ) dan Gorontalo.

Rancangan model pendidikan STEP mengambil filosofi magnet school. Lembaga pendidikan ini mampu menarik sekolah sekitarnya untuk terpacu dalam prestasi dan menyiapkan calon pemimpin masa depan bangsa . Pada tahun 2000, BPPT melimpahkan menejerial SMU Insan Cendekia ke Departemen Agama RI. Alih tata kelola ini mengubah nama SMU menjadi MAN Insan Cendekia, meskipun demikian, ciri dan karakter pendidikan STEP tetap melekat dan tidak berubah. Untuk memperluas semangat Insan Cendekia , pemerintah melalui Kementerian Agama  RI mendirikan enam MAN Insan Cendekia yang merupakan repliksi MAN Insan Cendekia yang sudah ada yaitu di Serpong, Gorontalo dan Jambi.

Pada tahun 2017, Kabupaten Pasuruan merupakan salah satu lokasi yang dibangun  MAN IC dengan lahan seluas 10 Ha yang merupakan HIBAH  dari Pemkab Pasuruan dan saat ini  sedang dalam proses pembangunan dan telah dioperasikan untuk kegiatan belajar mengajar Tahun Pelajaran 2018 /2019. Madrasah Aliyah Negeri Insan Cendekia Pasuruan berdiri pada tanggal 02 Oktober 2017. Momen tanggal 02 Oktober 2017 diambil sebagai hari lahir MAN Insan Cendekia Pasuruan karena pada waktu itu merupakan saat MAN Insan Cendekia Pasuruan diresmikan Menteri Agama Republik Indonesia Bapak Lukman Hakim Saifuddin dan Penetapan kenegerian 13 MAN Insan Cendekia, yaitu satu diantaranya MAN IC Pasuruan. Sesuai dengan PMA No 744 tahun 2017 tersebut, MAN IC Pasuruan merupakan unit pelaksana teknis bidang pendidikan berbentuk satuan pendidikan madrasah jenjang pendidikan menengah pada jalur pendidikan formal pada Kementerian Agama, berada dibawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Pendidikan Islam. MAN Insan Cendekia Pasuruan dibangun atas kerjasama yang baik antara Pemkab Pasuruan, Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Jawa Timur, dan Kementerian Agama RI. Lokasi MAN Insan Cendekia Pasuruan terletak di Dusun Kajarkuning, Desa Kedawung Wetan Kec. Grati dengan luas tanah kurang lebih 9,8 hektar yang merupakan tanah hibah dari pemerintah Kabupaten Pasuruan.

MAN Insan Cendekia secara sadar dibangun karena dorongan kebutuhan ideal, yaitu menghasilkan lulusan pendidikan tingkat menengah berbasis ke-Islaman yang kuat di bidang Iman dan Takwa (IMTAK), akhlak mulia, ilmu pengetahuan dan teknologi (IPTEK), dan seni budaya, untuk menjawab tantangan yang dihadapi masyarakat dewasa ini. Upaya menuju keseimbangan yang unggul, perpaduan antara kecerdasan intelektual, emosional, spiritual, dan social adalah cita-cita yang hendak dicapai dari program pendidikan MAN Insan Cendekia, dengan model berasrama (boarding school) telah menunjukkan sejumlah keberhasilan yang menakjubkan dapat bersaing dengan sekolah pada umumnya.